Em 1808 a Corte portuguesa se transfere para o Brasil fugindo da perseguição das tropas de Napoleão que estavam invadindo as nações que não aceitavam cooperar com o grande general francês em seu projeto expansionista. D. João VI escolhe, então, Santa Cruz como o local de descanso e de fuga das atribulações da Corte, no Palácio de São Cristóvão. As obras de reforma e melhoria do aspecto do antigo Convento jesuítico começam em 1809 e findam e 1811. O Palácio Real de Santa Cruz estava pronto para receber toda a nobreza e convidados. D. João VI e toda a Corte Real frequentavam muito o novo Palácio. O Rei gostava muito de passar temporadas em Santa Cruz.