Falecendo Cristóvão Monteiro, sua viúva sra. Marquesa Ferreira, conforme a vontade de seu esposo, doa metade de suas terras( 4 léguas em Guaratiba como era conhecida) aos padres da Companhia de Jesus, que ficaram com a obrigação de encomendarem as almas dos doadores. O termo de doação foi lavrado no dia 7 de dezembro de 1589 e a entrega feita no dia seguinte, dia de Nossa Senhora da Conceição, data memorável para os Jesuítas. Nos anos seguintes os Jesuítas anexaram novas glebas à área inicial através de compras, trocas e novas doações. Para assinalar a posse pacífica e ordeira das novas terras uma grande cruz de madeira foi alçada pelos Jesuítas. Era a Cruz de Cristo, símbolo maior da Companhia de Jesus elevada na solidão das novas paragens. E o símbolo lenhoso deu nome à imensa planície: SANTA CRUZ.

Presume-se que a construção da Residência (Sede) da Fazenda de Santa Cruz tenha começado por volta de 1707. Fazenda que não possuísse Residência seria considerada secundária. A Residência de Santa Cruz foi a maior do Brasil, com o Convento possuindo 36 celas, onde os Jesuítas e irmãos se recolhiam. A Residência da Fazenda de Santa Cruz era constituída de igreja( Capela de Santa Bárbara ) e Convento no bloco principal e outros pequenos prédios. Possuía dois pavimentos. Em 1751 estava concluída, conforme inscrição no alto de sua portada ainda existente (porta principal do Batalhão Villagran Cabrita). A Fazenda de Santa Cruz foi a mais avançada de sua época. Possuía milhares de escravos, um grande rebanho bovino e uma agricultura avançada para a época. Em 1759 os Jesuítas foram expulsos do Brasil por uma decisão unilateral do Marquês de Pombal. A administração da Fazenda passa para as mãos inábeis da Coroa e entra numa fase de declínio e abandono, pois os novos administradores não tinham a capacidade e os conhecimentos dos Jesuítas.

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